Les espèces présentes en Franche-Comté
Avec 28 espèces sur les 34 espèces Françaises (43 en Europe), la Franche-Comté possède une densité importante de chiroptères liée à la multitude d’habitats qu’elle possède (milieu rupestre, grottes, forêts, vieux bâtiments…) pouvant les abriter.
Il est possible de consulter le statut des espèces (mise à jour : juin 2011) – ainsi que la liste rouge des chauves-souris menacées en Franche-Comté (liste validée par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel depuis le 17 janvier 2008).
Famille des Rhinolophes
Ces Rhinolophes sont reconnaissables à leur nez en forme de fer à cheval.
L’été, les femelles forment des colonies de reproduction dans les combles des églises.
Grand rhinolophe 
Petit rhinolophe
Le Rhinolophe euryale est une espèce rare en Franche-Comté avec une population estimée à moins de 200 individus. Il se rencontre principalement dans les cavités.
Famille des Vespertilions
Cette famille regroupe différents genres dont voici un petit aperçu.
Grand murin et Petit murin, hôtes des grands greniers ou cavités en été, ils chassent sur de grandes distances autour de leurs gîtes ; principalement en milieu forestier pour le premier et dans les prairies à hautes herbes pour le second. 
La Sérotine hôte des châteaux et bâtiments, été comme hiver, elle chasse dans la campagne. 
Le Murin de Daubenton lié aux zones humides, il capture au ras de l’eau les insectes aquatiques, et parfois de petits alevins. En hiver, il fréquente l’entrée des grottes ou des anciennes mines. 
Murin à oreilles échancrées 
Murin de Bechstein 
La Noctule chasse très haut au-dessus des forêts. Gîtes d’été : trous d’arbres, fissures, mais aussi boîtes de volets roulants et joints de dilatation des HLM. 
La pipistrelle, la plus petite de nos chauves-souris, c’est aussi la plus connue en Franche-Comté, car elle chasse près des habitations, même en ville, et gîte, hiver comme été, dans les bâtiments anciens et modernes. 
Oreillard gris 
Oreillard sp.
Les oreillards : chassent principalement des papillons nocturnes en fréquentant les greniers des maisons en été et, très rarement les cavités lors d’hivers froids.
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Famille des Minioptères
Cette famille, récemment séparée des vespertilions, est représenté par un genre et une seule espèce, le Minioptère de Schreibers. Cette espèce, strictement cavernicole, fréquente le milieu souterrain toute l’année (grotte, ancienne mine, tunnel, etc..). Avec 15% de la population nationale, la Franche-Comté constitue un des bastions de l’espèce.
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