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Deux gestionnaires sont désignées pour la gestion des RNR : la CPEPESC FC pour les 7 RNR franc-comtoises, et la SHNA pour les 2 RNR bourguignonnes.
Ces réserves naturelles ont été spécifiquement créées pour la préservation de cavités naturelles qui abritent plusieurs espèces de chauvesouris.
