Réserves Naturelles Régionales

En Bourgogne-Franche-Comté, il existe un réseau de neuf Réserves Naturelles Régionales (RNR) cavités à chiroptères : Sur l'ancienne Région Franche-Comté, on compte 7 RNR :

Sur l'ancienne Région Bourgogne, on compte 2 RNR :

La Grotte du Contard (21)
Le Peuptu de la Combe Chaignay (21)

Ce réseau régional de cavités à chiroptères a été classé par le Conseil régional en trois temps : cinq cavités l'ont été en 2015 et deux autres en 2017 sur la partie franc-comtoise. En 2025, le réseau s'agrandit avec deux nouveaux sites sur la partie bourguignonne et une RNR créée en 2017 s'agrandit.

Deux gestionnaires sont désignées pour la gestion des RNR : la CPEPESC FC pour les 7 RNR franc-comtoises, et la SHNA pour les 2 RNR bourguignonnes. Ces réserves naturelles ont été spécifiquement créées pour la préservation de cavités naturelles qui abritent plusieurs espèces de chauvesouris.