Commission de Protection des Eaux, du Patrimoine, de l'Environnement, du Sous-sol et des Chiroptères de Franche Comté

Réseau Natura 2000 (Zones classées Natura 2000 )

publié le11 mai 2023

Le Réseau Natura 2000 se trouve au cœur de la stratégie de l’Union Européenne visant à enrayer la régression de la biodiversité. Il est constitué d’un ensemble de sites naturels qui ont été officiellement désignés pour protéger des espèces sauvages animales ou végétales rares ainsi que leurs habitat. La constitution de ce réseau écologique européen a été prévue par la directive européenne du 20 mai 1992.

C’est le principal instrument communautaire de conservation des habitats naturels et des espèces animales et végétales qu’ils abritent identifiées pour leur rareté ou leur fragilité.

Les zones de protection spéciale (ZPS) et les sites d’importance communautaire (SIC) qui forment le réseau Natura 2000

En Europe, la protection de la nature est régie par deux actes législatifs fondamentaux, la directive « Oiseaux » et la directive « Habitats ».

– La directive « Oiseaux » oblige les États membres à classer en zones de protection spéciale (ZPS) tous les territoires les plus adaptés à la conservation des espèces d’oiseaux sauvages. La désignation de ces ZPS doit se faire sur la base de critères scientifiques objectifs et vérifiables.

La directive « Habitats » impose aux États membres l’obligation de désigner des sites d’importance communautaire (SIC) pour la conservation de certains types d’habitats naturels et la protection de différentes espèces répertoriées.

Les sites Natura 2000 concilient activités humaines et biodiversité.

Pour chaque site Natura 2000 désigné et géographiquement délimitée, un Comité de pilotage (COPIL), organe officiel de concertation et de débat, sans aucune capacité juridique, est désigné par le préfet. (Selon article R414-8 du code de l’environnement).

Une des collectivités membre du COPIL est désignée pour assurer les taches administratives du COPIL; Elle peut faire appel à une structure tiers comme « opérateur ».

Pour chaque site Natura 2000, un document d’objectif (DOCOB) est établi, en concertation avec les collectivités territoriales et leurs groupements, ainsi que les propriétaires et exploitants. Il comporte état des lieux et détermine l’objectif de conservation du site. Cet objectif constitue une obligation juridique à atteindre pour ne pas enfreindre le droit européen. Le DOCOB est approuvé par le ou les préfets concernés. Il s’agit selon la jurisprudence d’un acte de caractère réglementaire. (CE, juin 2006, n° 266435)

A la suite du DOCOB, est prévue une politique contractuelle et volontaire, constituée par:

Une charte qui permet aux signataires publics et privés de s’engager dans la démarche Natura 2000 sans nécessiter un lourd investissement personnel et financier.

Des contrats sur 5 ans concernant des engagement d’actions des exploitants envers l’autorité administrative sont prévus à l’article L. 414-3 du code de l’environnement. Ces contrats donnent lieu à des contreparties financières prévues par le document d’objectifs. Ce sont des documents administratifs communicables au public.


En savoir plus sur Natura 2000 en France : Consulter le site Centre de ressources Natura 2000 : http://www.natura2000.fr/

Recherche de données sur un programme Natura 2000 sur le site : https://inpn.mnhn.fr/accueil/recherche-de-donnees/natura2000

En Bourgogne Franche-Comté

Depuis le 1er janvier 2023, es Régions sont en charge de l’accompagnement des structures animatrices des sites Natura 2000 dans la gestion qui leur est confiée ; et du financement des actions propres à Natura 2000. VOIR : https://www.bourgognefranchecomte.fr/natura-2000-une-nouvelle-politique-confiee-la-region-au-service-de-la-biodiversite

L’État conserve le suivi de la désignation de nouveaux sites ou leur extension (DREAL). Il est aussi référent sur les évaluations des incidences (pour assurer la compatibilité des activités humaines avec les objectifs de conservation), et sur la mise en œuvre des MAEC (DRAAF et DDT). VOIR : https://www.bourgogne-franche-comte.developpement-durable.gouv.fr/natura-2000-r2816.html

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Projets et manifestations dans un site Natura 2000

Certains projets et manifestations doivent réaliser une évaluation de leurs incidences en application du 1° du III de l’article L414-4 du Code de l’environnement.

Ils sont définis selon l’ article R414-19 du code de l’environnement. :

-1° Soit sur une liste nationale établie par décret en Conseil d’État. Accès à cette liste : https://www.bourgogne-franche-comte.developpement-durable.gouv.fr/liste-d-activites-soumises-a7069.html#H_Liste-nationale

Soit sur des listes locale, complémentaires, arrêtées par les préfectures. Accès à ces listes : https://www.bourgogne-franche-comte.developpement-durable.gouv.fr/liste-d-activites-soumises-a7069.html

En cas de besoin, on se reportera aux deux circulaires :

Circulaire du 26 décembre 2011 relative au régime d’autorisation administrative propre à Natura 2000

Circulaire du 15 avril 2010 relative à l’évaluation des incidences Natura 2000.

Sanctions administratives pour une d’activité dans un site Natura 2000 sans évaluation ou sans l’accord requis

Le 2ème alinéa de l’article L414-5    prévoit que « Les dispositions de la section 2 du chapitre Ier du titre VII du livre Ier s’appliquent lorsqu’un document de planification, un programme ou un projet d’activités, de travaux, d’aménagements, d’ouvrages ou d’installations ou une manifestation ou une intervention est réalisé sans évaluation des incidences Natura 2000, sans l’autorisation ou la déclaration prévue à l’article L. 414-4 ou en méconnaissance de l’autorisation délivrée ou de la déclaration ».

Sanctions pénales

Les sanctions administratives n’excluent pas de poursuites et de sanctions pénales qui peuvent être exercées, « lorsque des installations ou ouvrages sont exploités, des objets et dispositifs sont utilisés ou des travaux, opérations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l’objet de l’autorisation, de l’enregistrement, de l’agrément, de l’homologation, de la certification ou de la déclaration requise en application du code d’environnement« .

Contentieux administratif

Une autorisation de projet d’aménagement dans un site Natura 2000 peut éventuellement être attaquée et sanctionnée par le tribunal administratif pour erreur manifeste d’appréciation.

L’article L 122-11 du code de l’environnement prévoit: « Si une requête déposée devant la juridiction administrative contre une décision d’approbation d’un plan ou d’un programme visé à l‘article L. 122-4 est fondée sur l’absence d’évaluation environnementale, le juge des référés, saisi d’une demande de suspension de la décision attaquée, y fait droit dès que cette absence est constatée ».

Textes principaux concernant les sites NATURA 2000 :

- L 414-1 à L 414-7 du Code de l’environnement.

- R414-1 et suivants du Code de l’environnement.

Circulaire du 26 décembre 2011 relative au régime d’autorisation administrative propre à Natura 2000

Circulaire du 15 avril 2010 relative à l’évaluation des incidences Natura 2000.

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